Luật hải quan có sửa đổi, bổ sung năm 2005 đã bước đầu tạo tiền đề để áp dụng hải quan điện tử, song khi triển khai rộng rãi phát sinh một số bất cập về pháp lý. Để khắc phục bất cập nêu trên, tại dự thảo Luật hải quan lần này về khai hải quan có quy định: khai hải quan được thực hiện theo phương thức điện tử… việc khai trong tờ khai giấy chỉ áp dụng đối với một số trường hợp cụ thể do Chính phủ quy định.

Theo đó, việc kiểm tra hồ sơ hải quan được cơ bản thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc đối với một số trường hợp cụ thể được thực hiện trực tiếp bởi công chức hải quan.

Cũng theo Bộ trưởng Đinh Tiến Dũng, Luật hải quan hiện hành quy định 5 loại chứng từ bắt buộc phải có trong hồ sơ khai hải quan gồm tờ khai, hóa đơn thương mại, hợp đồng mua bán, giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có) và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật.

Trong thực tế, cơ quan hải quan chỉ cần đầy đủ các chứng từ trên trong một số trường hợp cần thiết. Ngoài ra luật  hiện hành chưa quy định cụ thể thời hạn công chức hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan nên dễ dẫn đến tùy tiện gây khó khăn cho người khai hải quan.

Để khắc phục bất cập nêu trên, tại dự thảo luật lần này quy định rõ thời hạn công chức hải quan kiểm tra hồ sơ chậm nhất 2 giờ làm việc, giảm thời gian kiểm tra thực tế hàng hóa xuống 8 giờ làm việc kể từ thời điểm người khai hải quan xuất trình hàng hóa cho cơ quan hải quan (trên cơ sở áp dụng quy định về sử dụng máy soi hàng hóa trong container).

Trường hợp cần thiết phải gia hạn thì thời gian gia hạn tối đa không quá 2 ngày làm việc. Đồng thời để giảm bớt giấy tờ phải nộp không cần thiết cho cá nhân, tổ chức khi làm thủ tục hải quan, tại dự thảo luật đã đưa ra quy định chung thống nhất về hồ sơ hải quan theo hướng đơn giản hóa, chỉ có tờ khai hải quan là chứng từ bắt buộc phải có khi làm thủ tục hải quan.

Đối với các chứng từ khác thuộc hồ sơ hải quan như hóa đơn thương mại; chứng từ vận tải; hợp đồng mua bán hàng hóa; giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hoặc kết quả kiểm tra chuyên ngành phải nộp hoặc xuất trình theo quy định của pháp luật liên quan (Luật thương mại, Luật an toàn thực phẩm, Pháp lệnh bảo vệ và kiểm dịch thực vật, Pháp lệnh thú y...) dự thảo luật giao Bộ Tài chính quy định cụ thể trường hợp phải nộp, xuất trình các chứng từ này phù hợp với quy định của pháp luật liên quan.

Dự thảo Luật hải quan (sửa đổi) được Quốc hội cho ý kiến lần đầu tại kỳ họp này, dự kiến thông qua tại kỳ họp giữa năm 2014.